Brigham Young llegó a ser el Presidente de La Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días el 27 de diciembre de 1847, a los 46 años, y fue presidente por 30 años, período administrativo más prolongado en la historia de la Iglesia.

Young sirvió en misiones proselitistas para la Iglesia en Canadá hasta 1833, en los Estados del Este en 1836 y 1843, y en Gran Bretaña desde 1839 hasta 1841. Fue ordenado apóstol el 14 de febrero de 1835, a la edad de 33 años. Fue Presidente del Quórum de los Doce Apóstoles desde 1840 hasta 1847, momento en el que se le ordenó Presidente de la Iglesia

Debido a que en 1846 las persecuciones en contra de los miembros de la Iglesia aumentaron en Nauvoo, Illinois, Young organizó un movimiento hacia el Oeste con objeto de buscar un lugar seguro. Los historiadores le han llamado "el Moisés americano" y "el Gran Colonizador". Young dirigió personalmente un grupo de vanguardia de 148 personas desde Nauvoo hasta el Valle del Gran Lago Salado, grupo que llegó a Salt Lake City, Utah, el 24 de julio de 1847. En los años posteriores, Brigham Young dirigió la organización y el financiamiento de más de 15.000 pioneros que inmigraron y se establecieron en los desiertos y los valles montañosos del Oeste. Ellos fundaron alrededor de 400 poblados en el Oeste Norteamericano.

Por muchos años Young prestó servicio como Gobernador Territorial y Superintendente de los Asuntos Indígenas.

En 1849, Young organizó escuelas dominicales para niños,así como la organización de las Mujeres Jóvenes, en 1869. Fundó la Academia Brigham Young en la ciudad de Provo, Utah, que en la actualidad lleva el nombre de Universidad Brigham Young, la universidad privada religiosa más grande de los Estados Unidos; además, fundó la Universidad Deseret, hoy la Universidad de Utah, sita en Salt Lake City.

En 1867, restableció la organización femenina conocida como la Sociedad de Socorro para asistir a los obispos en lo que respecta a proporcionar ayuda al socorrer a los pobres. Hoy, la Sociedad de Socorro es la organización de mujeres más grande del mundo, con cerca de cuatro millones de miembros.